Thomas Lengauer war bis 2018 Direktor und ist emeritiertes wissenschaftliches Mitglied am Max-Planck-Institut für Informatik in Saarbrücken sowie Honorarprofessor an der Universität des Saarlandes, der Universität Bonn und der Universität zu Köln.

Der Vorreiter im Bereich Bioinformatik hat u.a. über Analyse von molekularen Sequenzen und Strukturen geforscht und beschäftigt sich heute vor allem mit krankheitsorientierten Fragestellungen.

Seine Forschung wurde mit der Konrad-Zuse-Medaille der Gesellschaft für Informatik, dem Karl Heinz Beckurts-Preis und dem AIDS-Forschungspreis der Heinz-Ansmann-Stiftung gewürdigt. Er ist Mitglied des Präsidiums der Nationalen Akademie der Wissenschaften (Leopoldina) sowie Mitglied der Deutschen Akademie der Technikwissenschaften (acatech) und der Academia Europaea. Von Januar 2018 bis Januar 2021 war er Präsident der International Society for Computational Biology und er ist Mitgründer der BioSolveIT GmbH, die Software zum computergestützten Wirkstoffentwurf entwickelt.