Thomas Lengauer ist Direktor am Max-Planck-Institut für Informatik in Saarbrücken sowie Honorarprofessor an der Universität des Saarlandes und der Universität Bonn.

Der Vorreiter im Bereich Bioinformatik beschäftigt sich mit der rechnergestützten Analyse der Struktur und Wechselwirkungen von Proteinen, dem rechnergestützten Wirkstoffentwurf, der Analyse genomischer und epigenomischer Daten, sowie der Entwicklung von Bioinformatikmethoden zum besseren Verständnis, zur Diagnose und Behandlung von Krankheiten.

Seine Forschung wurde mit der Konrad-Zuse-Medaille der Gesellschaft für Informatik, dem Karl Heinz Beckurts-Preis und dem AIDS Forschungspreis der Heinz-Ansmann Stiftung gewürdigt. Er ist Mitglied des  Präsidiums der Nationalen Akademie der Wissenschaften (Leopoldina) sowie Mitglied der Deutschen Akademie der Technikwissenschaften (acatech) und der Academia Europaea. Er ist designierter Präsident der International Society for Computational Biology (Amtsperiode 2018-2020) und Mitgründer der BioSolveIT GmbH, die Software zum computergestützten Wirkstoffentwurf entwickelt.